建筑上“祈祷小堂”（Cappella）这专有名词，源自拉丁文，是一座没有神职人员常驻，一般依附在一栋建筑物裡的私人隐蔽祈祷处。这种祈祷小堂，可以附属在教堂、宫殿、城堡、皇宫、别墅、学校、医院和墓地等，甚至监狱中，或独立建在路边。

       罗马圣若望区（San Giovanni in Laterano）的“圣阶”（Scala Santa）内有世界最神圣的“至圣小堂”（Sancta Sanctorum）、梵蒂冈的“西斯汀小堂”（Cappella Sistina）、温莎城堡的“圣乔治小堂”（Saint George's Chapel del castello diWindsor），以及西西里岛巴勒莫市的“帕拉提那小堂”（Cappella Palatina a Palermo）等，都是世界极富盛名的“祈祷小堂”。

       正因为小堂是属于个人祈祷的地方，随著每位教宗品味不同，在这百年历史的梵蒂冈使徒宫里，亦有不少世界知名的教宗祈祷小堂：最古老的是教宗尼阁五世（Nicola V）委託建造，由当时著名意大利画家安杰利科修士（Beato Angelico）绘製完成的“尼克利纳小堂”（Cappella Niccolina）。28年后，教宗思道四世（Sisto IV）也建造了后来闻名于世的西斯汀小堂。1537年，教宗保禄三世（PaoloIII）下令修建“保利那小堂”（Cappella Paolina），内部的绘製承袭“西斯汀小堂”，大多是由米开朗基罗完成。

       文艺复兴时期，教宗思道五世（Sisto V）扩建整座宫殿，原来的住所成了今天的博物馆。而教宗寓所从此搬移至现今圣伯多禄教堂右侧的建筑裡，又称之为“思道五世宫”（Palazzodi Sisto V）。教宗乌尔班八世（Urbano VIII）在此宫殿2楼寓所中，以其名建造了一座小堂。

       1903年教宗圣碧岳十世（Pio X ）将寓所搬到了3楼，并修建了一座其专属小堂，自此之后，这裡成为历任教宗的祈祷小堂，一直到荣休教宗本笃十六世为止，被称之为“教宗私人小堂”（Cappella privata del Papa）。

       现任教宗方济各在上任后，选择不住在历任教宗居住之使徒宫，而选择居住在梵蒂冈为神职人员准备的旅馆——圣玛尔大之家（Casao Residenza di Santa Marta），因此，他每天祈祷、举行弥撒的地方，也就近改在目前住所的小堂。除了西斯汀、尼克利纳和乌尔班八世小堂隶属梵蒂冈博物馆掌管，供游客参观，其他小堂均不对外开放。

       使徒宫内有一座名为“救主之母祈祷小堂”（Cappella Redemptoris Mater），是教宗圣若望保禄二世（Giovanni Paolo II）晋铎50周年的礼物，从1996年开始建造，历时3年，于1999年完工。教宗圣若望保禄二世认为该小堂是东西方教会的结合，其价值就是在教宗所在地实现“普世教会合一运动”（Ecumenismo）。这裡是教宗方济各每年四旬期和将临期听道之处。整个小堂由两位艺术家共同完成，包含4面牆壁和穹顶。

       教宗方济各说：“艺术不但可以创造美丽的见证，也是传播福音的工具，透过美学，教会在对神的启示作诠释。”小堂虽小，却传达圣神的伟大，在此可以透过心灵来体会“美”，进而使我们的精神与主相契合，艺术的美是不需用语言文字来表达，透过我们的灵魂之窗──眼睛，即可达到心领神会，信仰使艺术活化，更与艺术融为一体。小堂祭台后牆是俄罗斯东正教艺术家寇尔诺克侯夫（Alexander Kornoukhov）以传统的拜占庭风格拼镶出《耶路撒冷的天空》（Gerusalemme celeste），其馀则是由来自斯洛维尼亚（Slovenia）的鲁普尼克神父（MarkoIvan Rupnik）带领4位工作伙伴，花了22个月的时间，不分昼夜完成。以“耶稣基督道成肉身降生于世”、“被钉死于十字架后复活升天”、“在世界末日时将再降临于世”3种主题镶嵌出极具现代风格之杰作。